El propósito general de cualquier clasificación es organizar la información existente. En los sistemas naturales es importante adicionar a la clasificación criterios funcionales, porque cuanto más se sepa de su funcionamiento mayor beneficio se podrá obtener al aplicar estos conocimientos a su manejo. Lo importante de la clasificación funcional es que no incurre en el error que conceptualmente se comete en las clasificaciones por regiones geográficas, o biogeográficas (Neiff, 2001). Biogeográficamente, muchos componentes (tanto plantas como animales acuáticos), son transgresivos a las ecorregiones terrestres, por lo que el criterio termina siendo conceptual y operativamente erróneo. Dentro de una misma región geográfica coexisten humedales muy diferentes, mientras que algunos humedales son comunes a muchas regiones distintas (funcionalmente hablando).
La caracterización de los humedales en una agrupación jerárquica y funcional no es para nada sencilla, dada la variabilidad espacial y temporal propia de los mismos. Antes ya de comenzar a elaborar el inventario y la clasificación de humedales, surge el primer problema: poner límites concretos y discretos a un sistema natural, continuo, y que varía en el tiempo y el espacio, ya que según la definición propuesta y la escala de trabajo adoptada, la superficie abarcada por humedales puede ser mayor o menor.
El número de clases o subsistemas dentro de un humedal puede variar ampliamente, dependiendo de características propias como la diversidad de hábitats que presenta el humedal, y de cuestiones ajenas al sistema como la escala de las imágenes satelitales y de los mapas finales sobre los que se realice la delimitación, inventario y clasificación. (Cowardin y Golet, 1995). Al utilizar las convenciones de mapeo, no se pueden incluir todos los detalles y características observables en el terreno. Así, dado que existe un límite tanto del tamaño de la unidad que puede mapearse como del tamaño del ambiente que puede identificarse en una imagen satelital y/o fotografía aérea, la clasificación usada para el mapeo será dependiente de la escala de trabajo. Esta escala dependencia es válida asimismo para los atributos que pueden describir a las unidades identificadas, por cuanto las propiedades emergentes de cada nivel de organización suelen manifestarse en distintas escalas .
Las clasificaciones de humedales (y por ende las comparaciones entre ellos) deberían siempre especificar la escala en que se hacen. En la medida en que ésta pasa de lo local a lo regional, disminuye la percepción de detalles y van quedando los atributos de mayor peso estructural y funcional del paisaje (Neiff, 2001). A este nivel es posible establecer grupos funcionales de tierras húmedas, cuyas similitudes están dadas por los procesos fundamentales que regulan la sucesión natural del sistema en su conjunto.
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